腎臟生理系統曲腎臟、膀胱、所屬經絡，骨、髓、腦、耳、二陰、胞宮、奇經八脈等部分組成。
腎臟位於腰部，左右各一。為人體真陰真陽發源之地，有藏精、主水、納氣、主骨、生髓、充腦、司聽覺和二便等生理功能，與人體的生殖、生長發育及稟賦均有密切關係，故稱腎為先天之本。膀胱為州都之官，有貯藏和排泄尿液的作用，有經脈絡屬於腎，故與腎為表裏。
足少陰腎經屬腎絡膀胱，其經脈循行足心、足跟、腰膝、咽喉、舌根等處；足太陽膀胱經屬膀胱絡腎，其經脈循行於眼內角、頭頂、項後、脊柱兩旁、肩背、腰髓、腮窩、小腿、足背外側等處。
腎與膀胱發生病變，上述經絡循行部位可出現相應證象。骨為人身的支架，骨髓為腎精所化。故
《素問‧宣明五氣論》說：「腎主骨」，《陰陽應象大論》又說「腎生骨髓」。
腦為髓海，又稱元神之府。耳為腎之外竅，主司聽覺，和腎氣有關。
故《靈樞‧脈度篇》說：「腎氣通於耳，腎和則能知五音矣」。
前後二陰能夠正常排泄尿液初糟粕，有賴腎的氣化作用以為控制，故有腎司二便之說。胞宮為奇恒之府，沖為血海，任主胞胎，與奇經八脈亦屬於腎臟系統。
《素問‧六節臟象論》說：「腎者主蟄，射藏之本，精之處也。」
精宜藏而不宜泄，故腎臟系統的功能以藏精為其根本。
這就是《素問‧上古天真論》說的：「腎者主水，受五臟六腑之精而藏之」的總結。
腎氣由腎精化生，《素問‧陰陽應象大論》說：「精化為氣」。
腎氣的概念有廣義和狹義之分。廣義的腎氣泛指腎精的所有作用，包括人體的生長、發育、衰老的生命運動以及生殖能力。狹義的腎氣則指腎氣的固攝和納氣等功能。而腎氣的功能又是以腎精為其物質基礎的。
腎寓元陰元陽，二者亦以腎精為物質基礎。腎陰又稱真陰、元陰，是人身陰液的根本，通過涵養肝木，上濟心火和金水相生等生理聯繫，對各臟腑組織起著滋潤、濡養的作用。
故張景嶽說：「五臟之陰，非此不能滋」。
腎陰又稱真陽、元陽，是人體陽氣的根本，對各臟腑組織起著溫煦、生化的作用。
故張景嶽說：「五臟之陽，非此不能發」。
由此可見，腎陰腎陽的協調，對於整體的陰陽平衡，具有至關重要的意義。
腎精有生髓的功能，髓遮於腦，腦是精髓彙集之處，故《靈樞‧海論》云：「腦為髓之海」。
此外，藏於骨骼之中者稱為骨髓。
如《素問‧脈要精微論》說：「骨者，髓之府」。
腎精充足，腦髓和骨髓才能獲得充分濡養。
腎臟有主持相調節人體水液代謝的功能。通過腎陽的蒸騰溫煦，使水腋之清者上歸於肺，再布散於周身；通過腎氣的氣化制約，使濁看由膀胱排出體外。
《素問‧五臟生成篇》說：「腎之合骨也，其榮發也」。
說明頭髮的榮枯與腎臟精氣的盛衰有密切關係。
《靈樞‧脈度篇》說：「腎氣通於耳」，
耳的聽力與腎臟精氣盛衰密切相關。
《素問‧靈蘭秘典論》又說：「膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣」。
這裏的氣化，實指腎的氣化功能而言，故膀胱的排泄功能與腎氣亦有密切關係。因此，腎氣失常既可呈現膀胱氣化不行，又可呈現腎精不藏的病變。
導致腎臟病變的原因，既有外邪侵襲，尤多內傷所致。外邪為患，或直接侵犯本臟，或由它臟經少陽三焦傳入，病多屬實。內傷致病，或因恣情縱欲，耗竭真陰，或由它臟病變，最終涉及於腎，或曲本臟自病，病多屬虛。
一、腎陰虧虛
腎精宜封藏固密而不泄。若房室不節，戕傷陰精，或熱入陰分，真陰被動，或它臟陰傷，窮必及腎，皆可使陰精劫傷而導致腎陰虧虛，從而引起下述病變：
第一、腎虛腰痛。
《素問‧脈要精微論》謂：「腰者腎之府，轉搖不能，腎將憊矣」；
第二、腎不藏精。可見男子遺泄，女子夢交、血崩、經閉等；
第三、腎陰虧虛，陰不制陽，可致陰虛生熱，或陰虛陽亢；
第四、腎主骨，齒為骨之餘；腎生骨髓，腦為髓海。腎陰虧虛，則精髓不足，可致小兒五遲五欽及骨痿等病變。故《素問‧痿論》說：「腎氣熱，則腰脊不舉，骨枯而髓減，發為骨痿。」此外，陰不涵陽，虛火上炎，可致牙根鬆浮疼痛；
第五、耳為腎之竅，目之瞳子亦屬腎。
《靈樞‧大惑論》說：「精之突為眼，骨之精為瞳子」。
腎陰虧虛，則聽覺失聰，視覺不明，耳鳴眼花，故《靈樞‧海論》又說：「髓海不足，則腦轉耳鳴」。
二、腎陰虛衰
腎陽是陽氣的根本。若稟賦不足，或攝生不慎，或過服寒涼，均可耗傷腎陽，導致腎陽虛衰，命火衰微，從而引致以下病變：
第一、陽虛生寒。
腎陽命火虛衰，不足以溫煦氣血形體，可見形寒怯冷，甚則成為寒厥。即《素問‧厥論》所謂：「陽氣衰於下，則為寒撅」和「陽氣衰，不能滲營其經絡，陽氣日損，陰氣獨在，故手足為之寒也」；
第二、腎陽虛則命門火衰，精不固藏，發為陽萎遺泄，以及女子宮冷不孕等；
第三、腎陽虛則腎的溫煦氣化功能減弱，不能化氣行水，則小便不利或清長，或腎虛關門不閉而遺尿，或小便失禁，若腎虛水泛，則可敵尿少、水腫，或水泛為痰；不能溫煦脾土，水穀精微的轉輸和轉化為陰精以及化精為血的氣化過程減弱減慢，可致便下溏薄，虛寒泄瀉，精神萎靡，營血虛少等病變；
第四、腎陽虧虛，則轉化陰精為腎氣的作用減弱，導致腎氣亦虛；
第五、腎陽不足，不能溫煦血脈，流通氣血津液，導致陰寒凝結，或寒凝經脈，發為陰疽和暗啞等病變。最後，腎陽虛衰還可以波及它臟，而成腫腎陽虛和心腎陽虛等病變。
此外，由於腎陰和腎陽彼此互根和相互轉化，因而在病理和病變上即可相互影響和相互轉化。陰虛日久，可以導致陽虛，陽虛日久，也可導致陰虛，成為陰陽俱虛的病理轉歸。這就是陰損及陽，陽損及陰的病理變化。
三、腎精虧損
多為腎陰虧虛進一步發展而成，故引致腎陰虧虛的各種原因亦可導致腎精的虧損。
《素問‧上古天真論》說：「腎者主水，受五臟六腑之精而藏之」。
《素問‧靈蘭秘典論》又說：「腎者，作強之宮，使伎出焉」。
前者是說腎的藏精相對精的封藏、固攝作用，後者是說腎精在人體的重要生理功能。腎精充足，則腎氣健旺，腎能作強而輕勁有力，神思敏捷，活動靈巧。
若腎不藏精，腎精虧損，則腎不作強而腰膝痿軟，神思遲鈍，活動不靈，精不生髓而腦海空虛，頭暈健忘，精神萎弱，五臟六腑之陰精亦因之而俱虧等等。由於腎精虧損是在腎陰虧虛的基礎上進一步發展而成，故腎陰虧虛的一系列病變在腎精虧損者亦得有之，唯有所加深和加重而已。
四、腎虛水泛
腎為水臟，主化氣行水，水液之所以能在體內敷布運行，達到「水精四布，五經並行」，有賴腎的氣化作用。若腎陽虧虛，氣不化水，水液失於溫化，可致水氣內停或水氣泛溢的病變。若停滯於本臟及腎經所過部位，可有腰痛，少腹不仁，腰酸脹滿，小便不利或不通，或陰囊潮濕，或蓄水為患，若泛溢肢體肌膚，可見肢體重著、疼痛、周身浮腫，尤以下肢為甚伴有尿少、腹滿等；若上淩於心，則心悸短氣，胸腹脹滿；若上泛高原，水寒射肺，肺失宣降，則喘咳痰稀，倚息難臥等。
五、腎氣不固
腎主封藏，又主水液。若腎氣虛弱，則下元不固，或腎陽虧虛而膀胱虛寒，不能約束水液，可致小便餘瀝、失禁、頻數及遺尿等病變。或因腎陽腎氣虧虛而封藏失職，精關不固，則可致遺精、滑泄等病變。或腎氣虛衰不能固護沖任，胞宮失固而致滑胎小產等。總屬腎氣不固使然。
六、腎不納氣
腎主納氣，腎中精氣充沛，才能使吸入之氣經過肺的肅降而下納於腎。肺賴腎的協助，才能正常呼吸以吐故納新。如腎氣虛損，本元不固，失其攝納之權，則吸入之氣不能歸納於腎，就會出現動則氣急，呼吸喘促等氣不歸腎的病變。《靈樞‧經脈篇》所謂：「腎，足少陰之脈，是動，則病喝喝而喘」，即捐此種病變而言。腎不納氣常見者有：腎陰虧損，陰失陰維，虛陽上浮，氣不歸根，致肺氣難於下行而氣逆作喘；肺病日久及腎，以致腎氣虛損，則氣不歸元而喘急難臥。
七．膀胱失約
尿為五液之一，膀胱為貯尿之器，津液通過三焦和肺脾腎的氣化，濾其餘液入於膀胱而為尿液，再通過膀胱的氣化作用而排出於體外，故膀胱具有貯藏，約束和排泄尿液的作用。如膀胱虛寒，貯藏和約束尿液的功能減弱，即可形成膀胱失約，而引致小便清長、頻數或滴瀝不盡，或小便不禁和遺尿等病變。故《諸病源候論，遺尿候》說：「小便者，水液之餘也。膀胱為津液之府，府既虛冷，陽氣虛弱，不能約于水，故令遺尿也。」
其《小便利多候》又說：「小便利多者，由膀胱虛寒，胞滑故也，……故小便白而多。」
由於膀胱為腎之府，膀胱的虛冷，又多由腎氣虛寒所致，因之膀胱失約，亦與腎陽的虛衰有密切關係，此即《諸病源候論‧小便不禁》說：「腎虛，下焦冷，不能溫制其水液，故小便不禁也」。另外，在溫熱病、中風、產後及膀胱濕熱等病症中，亦可發生小便失禁，其病機證治又當分別參閱有關部分。
八、膀胱氣化不利
《素問‧靈蘭秘典論》說：「膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。」若膀胱氣化無權，排出尿液的功能障礙或減弱，而導致小便不通，艱澀不暢，成為癃閉等病變，即屬膀胱氣化不利的病理。引致膀胱氣化不利的原因，又可由於腎經瘀熱或膀胱濕熱，或中焦濕熱下注膀胱，致膀胱積熱，水熱互結，氣化不利而小便不通。其特點為尿液黃赤短少，滴瀝艱澀，或完全不通。故《病源‧小便不通候》與《小便難候》說：「小便不通，由膀胱與腎俱有熱故也。……腎與膀胱既熱，熱入於胞，熱氣大盛，故結澀令小便不通，熱氣在於臟腑，水氣則澀。其熱勢極微，故但小便難也。」其次，由於腎陽不足，命火衰微，則膀胱虛寒，氣化無權，其特點為小便滴瀝不爽，排出無力，尿液清白等，是由腎之氣化不行而致膀胱氣化不利。此外，亦可由於瘀血敗精與溺濁瘀結阻塞於膀胱或尿道，而致膀胱氣化不利者，其特點為小便滴瀝不爽，或尿細如線，甚者亦可阻塞不通，且多伴有少腹脹痛、急痛或莖中刺痛等症狀。
九、膀脫濕熱與膀脫絡傷
或由他臟及中上二焦移熱下注，或由本腑濕熱蘊結，均可形成膀胱濕熱和熱積膀胱、引致小便頻數而短赤不利，或尿液混濁，以致淋澀不適，小腹拘急疼痛等淋證病變。故《病源‧熱淋候》說：「三焦有熱，氣搏於腎，流于膀胱而成淋也。」《諸淋候》又說：「膀胱熱則水下澀，數而且澀，則淋瀝不宣，……其狀小便出少起數，小腹弦急，痛引於臍」。若濕熱蘊結日久，煎熬尿液，結為砂石，則可成為石淋。若濕熱聚於膀胱，逼傷血絡，迫血外溢，或砂石內結，損傷血絡，均可致膀胱絡傷，血從下溢，釀成血淋。其特點為尿血紅紫，或尿中夾有血絲赤縷，同時有疼痛脹急，尿時熱澀刺痛，此與血尿之無痛，或僅為微痛者回有不同，病機亦大相殊異，宜注意區別。後者多由熱擾血分，熱蓄腎與膀胱，致血液妄行、絡脈損傷而成。其間又分虛火、實火與虛證、實證，虛者多在於腎，實者則多在於膀胱而為膀胱絡傷。即《素問‧氣厥論》所說：「腎移熱於膀胱，則癃尿血」，和《金匱‧五臟風寒篇》所說「熱在下焦者則尿血」的機理。《諸病源候論，虛勞尿血候》所說：「血得溫而妄行，故因熱流散，滲於膀胱而尿血也」，《小兒藥證直訣》說：「若熱聚膀胱，血滲於胖，故從小便．出也」，都是對這一機理的明確闡述。
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