少陰屬心腎，統水火二氣，為人身之根本。
病入少陰，心腎衰憊，陽氣不振，陰血不足，全身正氣明顯降低，為疾病危重的病機變化，陽氣不振，則脈微；陰血虛衰，則脈細；陰陽氣血不足，則神失所養，可發生疲憊與神志淡漠的"但欲寐"狀態。故"脈微細，但欲寐"為少陰病共同的臨床特徵。
少陰統水火，本陰而標陽，如本體陽虛，病邪從水化寒，陰寒內盛，即現無熱惡寒，騰臥厥逆，下利嘔吐，脈微欲絕等一派寒化的病機演變。如陰寒極盛，殘存之陽氣常浮越於外，稱為"格陽"；浮越於上，稱為"戴陽"，可現面紅、身熱、躁擾等症狀，屬真寒假熱的病機。如本體陰虛，病邪從火化熱，虛陽上亢，則引起心煩、不得眠、咽痛、舌紅、脈細數等一派熱化的病機演變。少陰病雖有寒化熱化兩種病機，畢竟本體以陽虛為主，寒化居多，故寒化證是少陰正局，而熱化證是少陰變局。所以，少陰病以心腎虛衰，虛寒內盛為基本病機。
少陰病的預後，決定於陰陽回復的情況。陽回則生，陽亡則死，陰竭亦死。如手足由厥轉溫，惡寒騰臥轉為時煩欲去衣，下利清穀漸止，脈由陰象轉為陽象，都是陽氣回復之候，預後佳良。如手足厥冷不回，下利不止，惡寒愈盛，脈微欲絕，大汗出，為陽氣將脫之候；如下利雖止，病情不減，脈不至，反見眩胃，是真陰內竭之征，預後嚴重。
少陽病的來路與傳變有三：
一為素體陽虛，病邪直中少陰；
二為它經失治誤治傳經而來；
三為少陰熱化轉陽明形成急下證，或寒化成厥，傳入厥陰。
一、陽虛表寒
《傷寒論》301條云："少陰病，始得之，反發熱，脈沉者，麻黃附子細辛湯主之。"
這是邪外束，陽氣內虛，太陽少陰兩感，即陽虛表寒的病機變化。因太陽之根，即是少陰。
柯韻伯云："太陽陽虛，不能主外，內傷真陰之氣，便露出少陰底板。少陰陰虛，不能主內，外傷太陽之氣，便假藉太陽之面目，所以太陽病而脈反沉……少陰病而表反熱。"(《傷寒論翼；太陽病解第一》)
說明太陽少陰互相傳變的機理。此種情況在陽氣素虛之人，感受外邪之時，最易引起。
二、陰盛陽衰
陰盛陽衰是少陰寒化的基本病機，兩者相因，陽氣虛則陰寒盛，陰寒盛則陽氣愈虛，不過以陽氣虛為主因。如陽氣不虛，雖陰寒外盛亦不致轉成少陰。少陰陽氣衰微，陰寒獨盛，屬於整體性的虛寒病變，其中又包括種種不同的病機變化。
一是寒盛陽微，肢厥下利。
因四肢為諸陽之本，陽衰而失于溫煦，故四肢厥冷。陰寒內盛，不能腐熟水穀，則完穀不化而下利。少陰下利每多口渴，是陽氣衰微，不能化氣生津，加之下利而津液外泄之故。此與太陰自利不渴所以不同，因太陰只是脾陽虛而腎陽不虛，腎陽尚能升騰津液之故。
二是陽虛陰盛，水氣不化。
因足少陰腎為寒水之臟，腎陽衰微，寒水失卻溫蒸運化，則鬱滯，浸漬而為病。水寒郁滯於筋脈骨節之間，則身體痛、骨節痛、手足寒。陽虛寒盛，不能溫養全身筋脈，則身潤動，振振欲擗地。陽氣虛弱，膀胱氣化不行，則小便不利。水氣不化，變動不後，上淩於心，則心下悸動；浸漬於四肢，則四肢沉重疼痛，甚至浮腫；水寒阻滯，清陽不升，則頭目眩暈。
三、陰盛格陽
因為陽氣虛極，內臟陰寒至盛，殘存之陽氣不能潛藏，被格拒於外，即是格陽，出現身熱、反不惡寒等症狀；被格拒於上，則出現面赤，煩躁等症狀，稱為戴陽。兩者表現不同，實質則一。都是真寒假熱的病機變化。此種病機變化，是陰陽行將離決的傾向，病勢十分嚴重，預後險惡。此即通脈四逆湯、白通湯證類。
四、熱化傷陰
邪入少陰，從陽化熱，陰液受損。故少陰熱化傷陰，以陰虛陽亢為基本病機。其中又有幾種不同的演變。
一是腎陰虧虛不能上濟心火，而心火獨亢，陽亢不入陰，陰虛不斂陽，引起心煩，不得臥等症狀，治宜育陰清泄，用黃連阿膠湯之類。
二是陰虛有熱兼挾水氣，水熱相搏，津液偏滲大腸，出現下利而小便不利、心煩不得眠、口渴等症狀。其水氣之由來，主要是陰虛導致膀胱氣化失職，治當育陰利水，用豬苓湯之類。
三是陰虛陽亢，虛火上浮，出現下利、咽痛、胸滿、心煩等症狀，其下利是因脾氣不健，而非水氣過剩。故雖陰虛火浮，但無邪熱為患。
五、熱化成實： 見"陽明病病機"一節。
六、氣郁成厥
氣郁成厥，是出於肝氣鬱緒，不能升發，致使陽郁於裏，不能通達四肢，引起四肢不溫的病變，與少陰陽虛陰盛有著本質的不同。歷來將此一病機變化列入少陰病中討論。其實氣郁成厥是肝木侮土的表現，多有腹痛、泄利下重等症狀，而四肢厥冷則較輕微，此即四逆散證類。
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