自然因素是指自然界對人體起致病作用的因素，包括天時因素、地理因素和生物因素三個方面。
天時因素包括了風、寒、暑、濕、燥、火的六氣與六氣太過的六淫，以及時令、節氣變遷和氣候變化。
地理因素包括方位異殊、居處高下與水土習俗等地理環境和生活條件。中醫學在長期的醫療實踐中充分地認識到人與自然界息息相通，自然之氣是人體生命存在的條件。而時令氣候又是按照一定規律更替和重複的，如春暖、夏熱、秋涼、冬寒。
人類長期生長在這樣有規律的環境中，逐步地適應了這種變化，因而不致影響健康造成疾病。如果自然界的氣候和環境發生了急驟的變化，如四時之氣太過、不及，或未至而至，或至而未至，或至而太過等，形成暴寒、暴熱，或因居處環境的驟然改變等，都會給入體帶來一定影響。
當人體失去了對反常氣候和異常環境的調節、適應能力時，就會使體內平衡、穩定失調而發生疾病。至於戾氣、蟲毒等生物性致病因素，常乘正氣之虛侵襲人體而致病，輕則一人受病，重則多人俱病或延及一方，是自然因素中一種特殊的致病因素。
以上三種致病因素在致病作用上，常互相影響，互為條件，或相合入侵人體，具有十分密切的關係。如不同的地域即有不同的氣候，氣候因素在地理因素的致病作用中，佔有重要的地位。而不同的時令、氣候相地理環境，則分別有利於不同戾氣、蟲毒的生長繁殖，助長病邪對人體的侵襲和毒力。《靈樞‧百病始生》說：「風雨寒熱，不得虛邪，不能獨傷人」，就說明這種關係。現分別討論如下。
天時因素
六淫，是指風、寒、暑、濕、燥、火等六氣的反常變化。在正常情況下，六氣隨春、夏、秋、冬四季有規律地變化，起到化育萬物的作用。這就是
《素問‧陰陽應象大論》說的：「天有四時五行，以生長收藏，以生寒暑燥濕風」。亦即
《素問‧天元紀大論》所說：「寒暑燥濕風火，天之陰陽也，三陰三陽上奉之；木火土金水火，地之陰陽也，生長化收藏下應之」的道理。
所以，正常的氣候變化是不會使人致病的，故稱為六氣，即言六種正常的氣候。當六氣反常，超過人體適應和抗禦能力，並侵犯人體引致疾病時，則稱為六淫。淫者，邪也，甚也，有侵淫之意，即淫邪。六淫既是外感疾病的主要致病因素，又是疾病發生發展的重要條件。因此，六淫在中醫病因理論中佔有十分重要的地位。
在中醫病因中，六淫不僅僅是一個氣候變化失常的概念，更重要的是致病邪氣的概念，並且是一切外感病邪的總稱，所以又稱之為「六邪」，即風邪、寒邪、暑邪、濕邪、燥邪、火邪等。
六淫所致的疾病，主要是外感病，是外感病的主要致病原因，只是六淫病邪的致病與時令氣候有著密切的關係而已，所以有「外感不外六淫，民病當分四氣」之說陳平伯《溫熱經緯‧外感風溫篇序》。
例如傷寒六經病的中風、傷寒和溫熱病的暑溫、暑風、濕溫等疾病，就其證候表現和疾病演變來看，是難以用風、寒、暑、濕等單純的反常氣候因素來加以解釋的，實際上是風、寒、暑、濕病邪在起著作用。而且上述這些疾病又是具有傳染和流行性質的，從這個意義上來講，六淫病邪甚至包涵了邪毒致病的因素在內。
所以吳又可《溫疫論‧原病》說：「夫寒熱溫涼，為四時之常，因風雨陰晴，稍為損益。假令秋熱必多睛，春寒因多雨，亦天地之常事，未必致疫也。」
因此，六淫實際是包括氣候失常、季節變化、外感病邪乃至大氣變化等致病因素在內的總概念，是多種外因性致病因素的總稱。也是所有外邪包括戾氣、疫毒和所有外感疾病屬性分類的劃分。一切外邪和外感疾病離開六淫的屬性，無論對於病邪的認識和疾病的辨證治療，將難以入手。不過，六淫致病往往是與時令氣候互相影響、共同作用的結果。
六淫致病的特點，
一是有明顯的季節性，乃至地區性；
二是有一定的致病途徑和比較固定的病變部位，或從口鼻而入，或從肌膚內侵，或自上而受，或從下先傷，或以肺胃為主，或以脾胃為重，或逞入厥陰心肝等；
三是為病有一定傳變次第，一般多始於皮毛肌表，逐漸傳入經絡臟腑，即自表入裏，由淺而深：
四是相兼為病與互相轉化，如風寒、寒濕、暑濕，濕熱之相兼為病，寒邪鬱伏可以化熱，暑濕含化可以化燥化火，熱極可以化火生風等。
另外，由於臟腑功能和氣血津液失調而產生的類似風、寒、暑、濕、燥、火的病理變化，一般稱為內風、內寒、內濕、內燥、內火、內熱等，總稱之為「內六淫」。
雖與六淫致病有一定關係，但因不屬於外邪致病，故此處不作討論，可參見「六氣病機一章」。茲將六淫性質和致病特點分別討論於下。
(一)風：
風為春令主氣。然四季接可發生。風邪侵犯人體的途徑，多從皮毛而入。侵入人體後使營衛不通而發為寒熱等證，如《素問‧風論》說：「風氣藏於皮膚之間，內不得通，外不得泄，……胰理開則灑然寒，閉則熱而悶。」
臨床上，風邪所致的疾病是多種多樣的，故內經又說：「風之傷人也，或為寒熱，或為熱中，或為寒中，或為厲風，或為偏枯，或為風也」(同上)，這是由風邪的性質及其特點造成的。
l、風為百病之長。
風邪致病最急，變化最多，最速。
故《醫方考‧中風方論》曰：「風者，百病之長，得天之象，故其發也暴」。
其次，六淫中其他幾種病邪亦每多隨風邪相兼為患，如風寒、風熱、風濕等等。另外，風邪侵犯部位較廣，無處不到，也就最易侵襲人體，
故《證治要訣》謂：「天地之間無所不入，一躥不塞，來不可禦。人之一身，縝密者少，疏漏者多，風乘之也，輕則為感，重則為傷，又重則為中。」
由此可見，風邪是外感病的主要致病因素，
故《素問‧風論》說：「風者，百病之長也」。
2、善行數變。
「善行」是指風邪致病多無固定部位，有遊走不定的特點。
如《素問‧痹論》說：「其風氣勝者為行痹，其證各在其處，更發更止，更居更起，以右應左，以左應右，非能同也，更發更休也。」
說明為病發無定時，證無定處。
「數變」，是指風邪為病，具有發病急驟，變化迅速和容易轉化為其他病變的特點。
故《素間，風論》說：「風者，善行而數變，至於變化，乃為他病也」。
就是對風邪致病特性的生動概括。
3、風性主動。
這是從風在自然界的表現具有流動性和使草木物體搖動的特點，結合臨床風邪致病多具有震顫、動掉和抽搐等徵象，取模擬象而總結、概括出來的。
在人體，這種搖動可以是形體的，也可以是感覺的。
屬於形體的，如口噤、項強、震顫、抽搐、拘攣、咬牙斷齒、角弓反張、雙目上視等；
屬於感覺的，如頭目眩暈、筋惕、肉潤等。
故《素問‧陰陽應象大論》所說「風勝則動」，
《至真要大論》說的「諸暴強直」和「諸風掉眩」，都是指風邪的這一特性而言。
4．輕揚開泄。
風為陽邪，其性輕揚，具有向上向外、升發開泄的特性，故風邪致病多見於肌表及人體上部，
《素問‧太陰陽明論》曰：「傷於風者，上先受之」
《風論》曰：「風氣藏於皮膚之間」，
故使人胺理開疏，衛氣開泄，而現溱溱汗出，淅淅惡風。
(二)寒：
寒為冬令主氣，故寒邪致病多見於冬季。其他季節雖亦可有，但不若冬季之甚。
故《傷寒例》曰：「冬時嚴寒，萬類深藏……觸冒之者，乃名傷寒耳。其傷於四時之氣，皆能為病，而以傷寒為毒者，以其最成殺厲之氣也。」
並以「寒毒」稱之。尤其冬時感寒，為病最重。寒邪所致的疾病，因其所傷部位不同，可分為傷寒和中寒兩種。傷寒是指寒邪傷於肌表，中寒則指寒邪直接中於臟腑。寒邪具有下述特點：
l、寒為陰邪，易傷陽氣。
出於寒為冬令主氣，凜冽冰寒，其性屬陰，故易傷人陽氣。傷於表則衛陽鬱傷，惡寒畏風，毫毛畢直；傷於裏則脾腎陽傷，腕腹冷痛，下利清谷，肢冷不溫。
故《素問‧陰陽應象大論》曰：「陽盛則陽病」。
陽病即陽氣受傷而衰微。陰氣衰微，則溫煦氣化作用失常，而出現氣不能化、形無以溫等一系列寒證。
2、寒性凝滯。
凝滯即凝結相阻滯不通之意。人體氣、血、精、津液的運行，全賴陽氣的推動。當人體遭受寒邪的侵襲，則陽氣受傷，或閉鬱不通，這時氣、血、精、津液即因陽氣之溫煦推動能力減弱而運行遲緩，甚則凝閉不通，出現惡寒無汗，唇甲發紺，氣血稽遲，營衛壅滯，脈緊，脈遲，以及因氣血流通不利而見疼痛等一系列凝滯不通的證象。
3、寒主收引。
收引即收縮、牽引之意。寒邪侵襲人體，常會使皮膚、胰理、筋脈收縮、攣急。如寒邪客於肌表，則胰理緊密，毛竅閉塞，衛陽閉鬱不能外達，而出現惡寒、無汗、肌束、脈緊等，若寒邪客於經絡關節，則可使經脈拘急，出現肢體屈伸不利或冷厥不仁。所以《素問‧舉痛論》曰：「寒則氣收」。
(三)暑：
暑為夏令主氣，獨發於夏季，為火熱所化。
《素問‧五運行大論》曰：「其在天為熱。，在地為火，……其性為暑。」
說明暑為天地火熱之氣。暑邪有如下特點：
l、暑為陽邪，其性炎熱。
《素問‧六元正紀大論》曰：「少陽大至為火生。」
《丹溪心法，中署》曰：「暑乃夏月炎暑也，盛熱之氣者，火也。」
可見暑為火熱邪氣，其性炎熱而屬陽。故暑邪傷人可出現高熱、煩渴、汗多、小便短赤、脈洪數等一系列火熱炎盛證象。
是以《素問‧生氣通天論》說：「因於暑，汗，煩則喘喝，靜則多言，體若燔炭，汗出而散。」
2、暑性升散，易傷津耗氣。
暑為陽熱之邪，侵犯人體，常致胰理開泄而多汗。
《靈樞‧歲露論》曰：「暑則皮膚緩而膜理開。」
因為胰理開疏，汗出過多，則傷津耗氣。如《明醫雜著，暑病證治》說：「若夏月傷暑，發熱，汗大泄，無氣力，脈虛細而遲，此暑傷元氣也。」葉天士《三時伏氣外感篇》和薛生白《濕熱病篇》，均指出「暑熱傷氣」和「暑月熱傷元氣」的致病特點。
故傷暑之人常見多汗、身熱、心煩、口渴、氣短、四肢無力、小便短赤等氣津兩傷的證候。此外，暑邪為病，每多直犯心包，閉塞清竅，又最易火盛生風，而現昏厥抽搐等證。
葉天士《三時伏氣外感篇》說：「夏令受熱，昏迷若驚，……即熱氣閉塞孔竅所致，其邪入絡」，即指此種特性而言。這都是暑性升散，耗氣傷津的特性表現。
3、暑多挾濕。
因夏季氣候炎熱，雨濕充盛，天暑下逼，地濕上蒸，暑濕蒸郁，故常多暑濕相兼為病。故於暑熱見證同時，可見四肢困倦、食欲不振、胸悶、泛惡、大便溏滯、苔膩脈濡等證。另外，內濕素盛之體，最易感受暑邪，亦可釀成暑濕相合為患，如《醫門法律‧風濕論》說：「體中多濕之人，最易中暑，兩相感召故也；外暑蒸動內濕，二氣交通，因而中暑。」
(四)濕：
濕為長夏的主氣。所謂長夏，是指夏秋之間，即大暑至白露這一段時間。此時天之熱氣下降，地之濕氣上騰，濕熱薰蒸，人在其中最易感受濕邪。
所以《直指方》說：「天氣下降，地氣上騰，二氣薰蒸，此即為濕。」
此外，或因涉水、淋雨、久處卑濕，或長期水中作業等，致使濕邪侵入而致。或因脾失健運，水濕內停，複易招致外濕之侵襲。
故薛生白《濕熱病篇》說：「太陰內傷，濕飲停聚，客邪再至，內外相引，故病濕熱。」濕邪有如下特點：
1、濕性重濁。
「重」是沉重、重著之意。
《素問‧生氣通天論》曰：「因於濕，首如裹」。
是說濕邪致病有頭重如裹的特點。它如一身困重。
四肢肌肉酸困沉重、關節重痛等，都是這一特點的表現。
「濁」指穢濁、垢濁之意，多指因濕邪影響或釀化而成的濁穢不清之物，如面垢目哆，痰液濃濁，大便溏垢，婦女帶濁，以及小便渾濁等等。
2、濕性粘滯。
「粘滯」是指粘膩、滯著。其意有二，
一是指感受濕邪的患者的排出物粘滯。如汗出粘滯，大便溏滯不爽、滯下和水飲停滯等；
二是指濕邪為患，病勢纏綿，濕邪不易速去，病程較長，以及濕邪為病多致氣機阻滯等。
3、濕為陰邪，易傷陽氣相阻滯氣機。
濕屬陰邪，其性重濁粘滯，故最易沮滯蒙蔽，阻遏氣機流行。如阻閉清陽，可見頭目昏重，清竅壅塞，胸腕痞悶；阻滯中焦，則脾胃升降失常，嘔吐下利，或悅連腹脹，使溏不爽；阻滯三焦氣機，則口苦嘔惡，胸脅痞悶，水液不行，小便短澀；濕阻於下，則小腸泌別失職等等。
若濕鬱過久，則可損傷陽氣，尤易困傷脾陽，致運化無權，水濕內停，而發為腹脹、腹瀉，甚至水腫，嚴重者尚可傷及腎陽，而致脈沉肢冷等。如薛生白《濕熱病篇》所說：「但惡寒面黃，口不渴，神倦，四肢懶，脈沉弱，腹痛下利，濕困太陰之陽，身冷脈細，汗泄胸痞，口渴舌白，濕中少陰之陽」，就是說的這種病變。故葉天土總結說：「濕勝則陽微也」《外感溫熱篇》。
4、濕性趨下。
濕與水同類同性，火炎上而水流下，故濕邪亦有下趨，下注的特點。
《素問‧太陰陽明論》曰：「傷於濕者，下先受之。」
《靈樞‧邪氣臟腑病形》篇曰：「身半以下者，濕中之也。」
可見濕邪傷人，多始於下部。另外，濕邪重濁，易於下注，故其為病亦多見於下部。
《素問‧六元正紀大論》曰：「濕勝則濡泄」。
其他帶下、腳氣、水腫等濕邪為病，亦多見於下部或盛於下部。故在治療上以利小便為治療濕邪的重要方法。
(五)燥：
燥為秋令主氣。深秋季節，陽明燥金主令，久晴少雨，兼以金風時吹，天氣肅斂，致空氣乾燥。燥邪傷人，可見反膚乾燥，唇乾目澀，大便燥結等。燥邪致病，又有涼燥、溫燥之別，乃因寒熱之氣所化而成。
如清‧石壽棠《百病提綱論》說：「寒搏燥生，熱灼燥成」。
寒搏者，寒則水液凝結，致津液不能輸布濡潤而成燥，稱為涼燥，乃因兼有近冬之寒氣使然；火熱則消灼津液而成燥，又稱溫燥，乃由兼有夏熱之餘炎而致。燥邪的性質和致病特點如下：
1、易傷津濃。
燥邪肅斂乾澀，《素問‧陰陽應象大論》說：「煤勝則乾」，故其為病，最易傷人津液，而出現皮膚、口唇、舌咽、眼鼻乾燥，以至皮膚皸裂，大使燥結，小便短少等一系列津濃燥幹證象。故金‧劉完素說：「諸澀枯涸，乾勁皺揭，皆屬於燥。」
2、燥邪易先犯肺。燥邪傷人，多從口鼻而入，故首先犯肺，致肺陰受傷和肺失宣降，而現口鼻乾燥，乾咳無痰成少痰，痰黏不易喀出，以及呼吸不利，喘促胸痛等證。嚴重者尚可損傷肺絡，而現鼻蛆、痰中帶血。因肺又與大腸為表裏，故肺燥陰傷又可出現大便燥結。故《景岳全書‧燥有表裏之不同》說：「若秋令太過。金氣勝而風從之，則肺先受病。」
(六)火：
火熱一股旺於夏季，但不如暑邪有明顯的季節性。火雖屬六淫之一，但又包括和代表著陽熱一類的致病因素，如溫邪、熱邪、暑邪和某些具有傳染性質的疫厲病邪。另外，風、寒、濕、燥等其他六淫邪氣，也能在其病理過程中鬱而化熱成火，故劉河間提出六氣皆能從火化之說。由上可見，外感火邪，多為直接感受溫熱邪氣，或因感受其他外邪鬱久不解而化生，故多見於外感熱病。火邪的性質和致病特點如下：
1、火為熱之極，其性炎上。
火為陽邪，其性升騰上炎。
《素問‧至真要大論》曰：「諸逆沖上，皆屬於火」，這裏的「沖上」即指上逆之勢和炎上之性。火性炎熱燔灼，故為證多現高熱煩渴，面目紅赤，舌赤脈洪等。火性上炎，故其為病多表現在人體的上部，如肝膽之火上沖，而為面紅、目赤、口苦；心火上炎，而見口舌糜爛；胃火熾盛而見牙齦腫痛等等。另外，火熱逼灼心包，撓亂神明，則可致神明逆亂，狂躁妄動，神昏譫語等，故《素問‧至真要大論》雲：「諸躁狂越，皆屬於火」。
2、火為陽邪、易耗陰津。
火盛必煎灼津液，或迫津外泄，正如《素問‧舉痛論》所雲：「靈則胰理開，汗大泄」。故火邪最易耗傷陰液，而出現口渴喜飲，咽乾口燥，大便秘結，小便黃赤短少，舌苔乾黃等一系列火盛津傷證象。
3、火熱耗氣。
《素問‧陰陽應象大論》雲：「壯火食氣，氣食少火。壯火散氣，少火生氣」。說明正常之火即能夠生氣，而過亢之火則能耗損元氣。此種情況除呵見於火邪所致外，又可發生於內火致病之中，表現身熱而倦怠懶言，神疲乏力，氣不接續等火熱傷氣的證象。另外，由於火盛傷陰，陰損及陽，久之亦可使陽氣受傷，表現膚冷、肢涼．汗出不止等陰傷及陽之證。
4、生風、動血。
血得寒則凝，得溫則行，得火則妄行橫溢。火熱熾感，則灼傷血絡，迫血妄行，而見上下失血，肌膚發斑等傷血動血之證。另外，火盛又可以生風，因火熱之邪燔灼津血，劫傷肝陰，致筋脈失養而肝風內動，出現高熱神昏，四肢抽搐，目睛上視，頸項強直，角弓反張等動風發痙證象。故《素問‧至真要大論》曰：「諸熱瞀瘸，皆屬於火」。一般稱之為「熱極生風」或「熱盛動風」、「火盛風生」等。
二、時令
時令括季節和時序變化而言。時序變化以十五日為一節~，十五日得一氣，故又名節序或節氣。一歲之中，分春夏秋冬四季(四時)，十二月，二十四氣(節)。每一季節，各有不同的主氣，即王叔和於《傷寒例》所謂「春氣溫和，夏氣暑熱，秋氣清涼，冬氣冷冽，此則四時正氣之序也」。而一年之中，又以風、寒、暑、濕、燥、火六氣分主之。所以，不同的時令季節，既表示著時序的改變，也標誌著氣候的變遷，故總稱之為節氣的變化。時令因素就是指這種時序節氣的變化對人體的致病作用和影響。其中，六氣失常而成六淫的致病作用，已見前述，而「歲氣」的變化與致病規律，將在「發病」中作專章討論，這裏僅就節氣變化的致病規律作簡要介紹。
四時節氣的變化具有一定的時序性和規律性，人體如能順應這種變化的規律和氣候特點，注意生活起居以及情志的調攝，從積極的方面加以適應，則五臟安和，情志調達，肌膚堅強，氣血通暢，而不至於為害致病。這就是「從之則茍疾不起」，從《素問‧四氣調神大論》「故身無奇病，……生氣不竭」的道理。故《景嶽全書》指出：「人應春溫之氣以養肝，以夏熱之氣以養心，以長夏之氣以養脾，以秋涼之氣以養肺，以冬藏之氣以養腎。」《內經》則總結為「春夏養陽，秋冬養陰，以從其根」，《傷寒例》說明這是「順天地之剛柔也」。反之，如果違背這種季節、氣候的規律和特點，或者有所觸冒，就會導致五臟功能的傷害而形成疾病。其一般規律是：逆於春氣，「則少陽不生，肝氣內變」，即「逆之則傷肝；逆于夏氣，則太陽不長，心氣內洞，即「逆之則傷心；逆於秋氣，則太陰不收，肺氣焦滿」，即《素問‧四氣調神大論》曰：「逆之則傷肺；逆於冬氣，則少陰不藏，腎氣獨沉。」又如冬不藏精，則春日必多病溫等。這些都是對四時節氣變化「從」、「逆」所引致的不同影響與結果。同時也說明不同的季節和氣候對不同的臟器影響各有不同，此即《素問‧生氣通天論》所謂「四時之氣，又傷五臟」。
不同的時令節氣傷人所引致的疾病，以及疾病的發生部位，也有不同。一般是「春傷於風，邪氣留連，乃為洞泄；夏傷於暑，秋為痿瘧；秋傷於濕，上逆而咳，發為痿厥；冬傷於寒，春必病溫」(同上>；
《素問‧金匱真言論》曰：「春氣者，病花頭；夏氣者，病在臟；秋氣者，病在肩背；冬氣者，病在四肢」，
以及春病在肝，夏病在心，長夏病在脾，秋病在肺，冬病在腎；春日善病脅蛆，仲夏善病胸脅，長夏善病洞泄、寒中，秋季善病風瘧，冬令善病痹厥等等。
故王叔和《傷寒例》提出：「其傷於四時之氣，皆能為病。」
並且常以節令之不同，作為劃分與區別疾病的界限，如
《素問‧熱論篇》說：「凡病傷寒而成溫者，先夏至日為病溫，後夏至日為病暑」即是。
一般來說，時令季節不同，對於邪氣的滋長繁殖與毒力強弱亦可發生不同影響和作用。所以，春季多以風邪、溫邪為感，故多發生風熱、風溫、春溫等疾病；夏季以暑邪、熱邪以及疫癘邪氣為感，故多發生暑熱、暑風、暑溫和暑熱疫毒等疾病；長夏則以濕邪相濕熱病邪為感，故多發生濕病、泄瀉、濕溫、濕熱、霍亂和濕熱疫毒等疾病；秋季以燥邪為感，故多發生涼燥、溫燥及燥熱傷肺等病證；冬季則以寒邪為烈，故多發生風寒感傷、中寒及寒疫等疾病。這就是時令節氣與疾病發生相流行的一般規律。此外，時令節氣對於病情輕重及預後、轉歸也有密切的關係。
如《素問‧藏氣法時論》提出：病在肝者愈于夏而甚於秋，病在心者愈于長夏而甚於冬，病在脾者愈於秋而甚於春，病在肺者愈於冬而甚于夏，病在腎者愈於春而甚于長夏；其規律是：「以勝相加，至其所生而愈，至其所不勝而甚，至於所生而持」。
這就是「合人形以法四時五行而治，而定五臟之氣，間甚之時，死生之期」的關係和道理。諸如溫熱、暑溫病，每於起風降雨、天氣轉涼之際有所減輕；濕熱、濕溫或濕痹一類疾病，在秋涼氣燥之後其發病有所緩和與減少；胸痹、陰寒等證之甚於冬日，寒濕、寒痹之證之減於春暖之時，甚至一些疾病的死亡也和節氣有一定關係，這些都是時令節氣影響疾病預後、轉歸的表現。
地理因素
地理因素是指不同地域、地勢、地質水土與生活習俗等，對人體的致病作用和對病情的影響。由於人類生活居處的方域有東西南北之異，地勢有高下燥濕之殊，水土有厚薄之分，氣候有涼熱之別，此活習俗與飲食習慣亦各有不同，對疾病的發生和流行就有不同的作用和影響。一般說來，西北之域，地勢高峻，居處乾燥，氣候寒冷而多風，水土剛強，人之膜埋常閉而少開，故多風寒中傷或燥氣為病；東南之方，地勢低下，屬處卑濕，氣候溫暖或炎熱潮濕，水土薄弱，人之胰理常開而少閉，故多濕邪或濕熱為病。
所以，《丹溪心法》說：「西北二方，極寒肅殺之地，故外感甚多；東南二方，溫和之地，外傷極少」。這裏的「外感」、「外傷」，主要指寒邪而言。又說：「東南之人，多是濕土生痰，痰生熱，熱生風」。這裏的「風」，則是指內風而言。
《證治匯補‧濕證》亦說：「東南卑下，山澤蒸氣，濕從外入，自下而上……。西北地高，外燥內濕不得宣越，從內外發。」
《素問‧異法方宜論》曾總結說，此皆「地勢使然也」。
這是古代醫家對於方位異殊等地理因素致病規律的認識。
其次，從現代流行病學和地質學研究得知，地殼表面元素分佈的不均一性，在一定程度上影響著世界各地區人類乃至所有生物的生長發育和生理、病理，使得一些疾病帶有強烈的地區性和地方性。例如我國東南沿海及長江流城，即多血吸蟲病和鉤端螺旋體病之流行，而東北。四北二刀朋很少或無有；後省則多有克!II病及大骨節病的發生，而東商地區則較少見；鼻咽癌以廣東為高發，食道癌則以華北、西北一些地方及習食酸菜的地區為多發；痿病則以水土作物中缺碘之地易發。又如東南之地多沙虱、水毒為患，嶺南及滇南又多瘴瘧為病；近海、近水、近濕者多濕氣、濕痹；近山傍林者則多受山嵐障氣為病；城居者多情志力病或中風、胸痹，鄉居者多六淫外感或蟲症、痹證，都是方域地勢和水土居處影響疾病發生的表現。
另外，居處方域和生活環境的驟然遷移或改變，也可因一時不能適應而造成疾病的發生或加重，同時也可因此而導致一些疾病的減輕或向愈。前者一般稱之為「水土不服」。
如《諸病源候論‧痢疾諸候》中說：「夫四方之氣，溫涼不同，隨乃嗜欲，因此成性。若移其舊土，多不習服，必因飲食，以入腸胃，腸胃不習，便為下痢，故名不服水土痢也」。
其實因飲食腸胃不習而致病，僅僅是水土不服的一個方面，它還包括了氣候環境和生活習俗的不適應。例如從內地初至邊疆，從平原初到高山、高原，由南乃遷屬北方，從溫暖炎熱之地初至嚴寒冷冽之鄉，從城居初到鄉居等，都常可出現不適反應以至發生相應的疾病，有的引起舊有疾病的發作與加重．另有一些疾病，往往可因易地而減輕或同愈，如冷哮病者，移居南方溫暖之地，或熱哮病者移居北方涼冷之地，常可停止發作或不發。一些風癰、癮疹病者，亦可因移易居處地區而向愈等。可見方域之殊與地勢之異對疾病的影響有密切關係。
生物因素
生物因素是指存在於自然界或生物體內的具有生命力和致病作用的致病因素，是六淫以外的另一類特殊的致病因素，包括戾氣、瘴氣和蟲毒等幾種。《內經》中已有「毒」、「溫癘」之說。及至王叔和《傷寒例》明確提出「時行之氣」和「異氣」的名稱。
其後，歷代醫家在不斷的醫療實踐中，逐漸認識到這類致病因素無論在病邪性質和致病特點上，同一般的六淫病邪有顯著的不同，特別是其致病力較強，為病具有明顯的傳染性和流行性，因而逐漸同六淫以及一般的外感病邪分離開來，並加以專門論述。實際上已認識到多種生物因素的致病性。現分別討論如下。
一、戾氣：
戾氣又稱癘氣、異氣、疫氣、疫邪、疫毒、乖戾之氣等。以其為病長幼相似，遠近鹹若，沿門閻戶，一境一方俱病，如差役之不可免，故名疫氣；又以其「為病頗重，如有鬼癘之氣」，故名之「厲氣」或「癘氣」《溫疫論‧雜氣論》，《病源‧疫癘病候》；更因其為病重烈，病情又變化多端而傳變迅速，多有壞證、變證和逆證，故又稱戾氣、疫毒相乖戾之氣；因其不同於一般六淫之氣，故又稱曰「異氣」。
吳又可於《溫疫論‧原序》明確指出：「天溫疫之為病，非風、非寒、非燥、非濕，乃天地間別有一種異氣所感」。以上種種，吳氏統稱之曰「雜氣」，本書統稱為「戾氣」。其性質和致病特點如下：
1、種類繁多。
戾氣非單純一種，如溫邪、疫氣，是引起溫病和溫疫的邪氣，但其中又有風熱病邪和暑熱、濕熱、燥熱病邪，以及火熱毒邪等，所引起的溫熱疫病亦各不相同。以其「為病各種，是知氣之不同也；而疫氣者，亦雜氣中之一」《溫疫論‧雜氣論》。又如人病而禽獸不病，或病牛而不病羊，病雞而不病鴨者，皆「因其氣各異也」。所以「天地之雜氣，種種不一，各隨其氣而為諸病也」（同上)。
2、致病具有選擇性和特異性。
如《溫疫論‧雜氣論》說：「有某氣虧入某臟腑、經絡，專發為某病，故眾人之病相同；有偏中於動物者，有偏中於人者，有人病而禽獸不病，雞病而鴨不病者，究其所傷不同，因其氣各異也」(論氣所傷不同)；總之，是「一氣自成一病」(知一)。
3、傳染性。此為庚氣致病的最大特點。
如《素問‧刺法淪》曰：「五疫之至，皆相染易，無問大小，病狀相似。」
《諸病源候論‧疫癘病候》說：「病無長少，率皆相似。說明感受戾氣可以相互傳染，並可引起流行，此氣之來，無論老少強弱，觸之者即病」
《溫疫論。原病》：「或發於城市，或發於村落，他處安然無有」(同上)。
吳又可明確指出：「其年疫氣盛行，所患者眾，最能傳染」(同上)。
至於其傳染途徑和方式，有從呼吸感受者，有從飲食而入者，有從肌表內襲者，或因於空氣傳染，或由於接觸傳染等。
故《溫疫論‧原病》中說：「邪自口鼻而入，呼吸之間，外邪因而乘之」，和「邪之著人，有自天受之，有傳染受之」。《病源》亦曰：「人感乖戾之氣而生病，則病氣轉相染易，乃至滅門，延及外人」(溫病令人不相染易候)。並且還提出「死又注易傍人」的特點(注病諸候)。
二、瘴氣
瘴氣亦名瘴毒。此特指嶺南地區引致瘴疾、障瘧之毒氣，非一般山嵐瘴氣之謂。《病源，障氣候》謂其發病自仲春迄仲夏，以至季夏、孟冬，皆可有發作，「猶如嶺北傷寒也」。若久治不癒可成黃疸，黃疸不治則成「屍疸」。「屍疸疾者，嶺南中瘴氣，土人連曆不痿，變成此病」，並列屬於《疫癘病候》之中。於《瘧病諸候。山瘴瘧候》中又說：「此病生於嶺南。帶山瘴之氣。其狀發寒熱，休作有時。皆由山溪源嶺瘴濕毒氣故也」。並指出「其病重於傷暑之瘧」。
三、蟲黴
蟲毒包括沙虱、射工、水毒、蠱毒、屍蟲．澇蟲及諸蟲等，多數是肉眼可以看到的有一定形態的致病物體，其中有些也可引起傳染和流行，並具有一定的地區性。
沙虱早在晉‧葛洪《肘後方》中即有記述。《病源，沙虱候》作了較詳的描述，謂「其蟲甚細，不可見人「，「生於山內水間」，「入水浴及汲水澡浴，……及陰雨日行草間」，蟲便著于人身，初得時皮上有瘡，以後則「令百節疼強痛寒熱」。據近代研究，沙虱即恙蟲及其傳播的恙蟲熱，為一種病源媒介物。
射工、水毒、蠱毒，《病源》對其形狀、發病地區及症狀表現作了詳細記述，謂「江南有射工毒蟲：自三吳已東，及南諸山郡山縣，有山谷溪源處，有水毒病，春秋輒得，……亦名溪溫」；對蠱毒病候記述尤為詳盡。根據近代研究，其所指多為血吸蟲病，尤以急性期者為然。
疥蟲是引致疥瘡的病原。《病源‧疥候》謂其「並皆有蟲，人往往以針頭挑得，狀如水肉腐蟲」。癆蟲是引致肺癆和癆痰的病原。其特點是蝕人肺臟和有傳染性。早在《千金方》就指出：「肺蟲居肺間，蝕肺系，故成癆燎」；《肘後方》則指出其「死後複傳之旁人，乃至滅門」：宋《直指方》也說：「其侍奉之人，薰陶日久，受其惡氣，多遭傳染」等。
寸白蟲等諸蟲是引致多種腸道及消化道寄生蟲病的病原。早在內經時代即有一定認識，如《靈樞‧厥病篇》曰：「腸中有蟲瘦及蛟賄」，即指蛔蟲為病。《傷寒論》論述了「蛔厥」的證治，《金匱，禽獸魚蟲禁忌並治篇》更指出，「食生肉，變成白蟲」。《病源‧九蟲病諸候》則總括為伏蟲、忱蟲、白蟲、肉蟲、肺蟲、胃蟲、弱蟲、赤蟲、燒蟲等九蟲，並對其形狀和寄居部位，均分別作了記述。其巾「白蟲」即寸白蟲，謂可「長至四五尺，亦能殺人」，顯系指絛蟲而言。而「肺蟲」或指肺吸蟲病。另外，還提出了「齲蟲」，《奇效良方‧諸蟲門》所說「九蟲皆由，……雜食生冷甘肥油膩鹵藏等物，或食瓜果與畜獸內臟遺留諸蟲子類而生」，則是對諸蟲為病的致病途徑相傳播方式的概括。
除上述三者外，中醫學中尚有「穢濁之氣」或「穢濁之邪」的病因名稱，它既不同於六淫，也不同於戾氣的概念，但與二者又有密切的關係。考其含義，或為自然界中穢濁、惡濁不潔之氣，如空氣汙濁及臭惡之氣，汙穢之物，或濕熱薰蒸之氣等；或指大氣污染及有毒之氣；或為六淫、戾氣致病後病程經過中醞釀化生的病理產物，如痰濁、混濁、飲濁、瘀濁、帶濁等。其後二種的含義與所指，則已不屬自然因素範圍了。
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